fa غربال‌گری بیوانفورماتیکی مهارکننده‌های آنزیم DNA پلیمراز ویروس هپاتیت ب انسانی از گیاهان دارویی علوم پایه Basic Sciences پژوهشي اصیل Original Atricle <strong><span style="font-family:b mitra;">چکیده</span></strong><br> <strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">زمینه و هدف:</span></span></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> هپاتیت ب انسانی یکی از مشکلات عمده سلامت عمومی و از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان است. بنابراین، اخیراً معرفی دارو</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های موثر ضد هپاتیت ب مورد توجه قرار گرفته است. هدف از بررسی حاضر</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">،</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> غربال</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">گری بیوانفورماتیکی مهارکننده</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های جدید آنزیم </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> پلیمراز ویروس هپاتیت ب از دو گیاه </span></span><em><span dir="LTR" style="background:white;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Terminalis chebula</span></span></span></em> <span style="background:white;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">و </span></span></span><em><span dir="LTR" style="background:white;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Caesalpinia sappan</span></span></span></em><span style="background:white;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> می</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="background:white;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">باشد<em>.</em></span></span></span><br> <strong><span style="background:white;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">مواد و روش</span></span></span></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><strong><span style="background:white;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ها</span></span></span></strong><span style="background:white;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">: این پژوهش به روش توصیفی </span></span></span><span style="background:white;"><span style="font-family:sakkal majalla;"><span style="font-size:12.0pt;">&ndash;</span></span></span><span style="background:white;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">تحلیلی انجام شد<em>. </em>در پژوهش حاضر ، ساختار سه بعدی آنزیم </span></span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> پلیمراز ویروس هپاتیت ب به روش هومولوژی مدل</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">سازی شد. ترکیبات گیاهی مورد بررسی از گیاهان مذکور نیز از پایگاه داده</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Pubchem</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> در قالب </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">SDF</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> دریافت شد. غربال</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">گری بیوانفورماتیکی با استفاده از داکینگ مولکولی بین ترکیبات گیاهی و آنزیم مدل</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">سازی شده توسط نرم افزار </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">2.1</span></span></span> <span dir="LTR"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">iGemdock</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> انجام شد.</span></span><br> <strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">یافته</span></span></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ها:</span></span></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> نتایج نشان داد که تمامی ترکیبات مورد بررسی دارای حداقل سمیت و بدون سمیت ژنتیکی بوده و برهم</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">کنش</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های مناسبی را با پلیمراز مورد بررسی ایجاد می</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">کنند. علاوه بر این، مشخص شد که اغلب برهم</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">کنش</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ها در ناحیه</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ی رونوشت بردار معکوس در ناحیه</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ی 694-354 از توالی آمینواسیدی رخ می</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">دهند. تحلیل انرژی و آمینواسید</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های درگیر در برهم</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">کنش لیگاند-پلیمراز مورد بررسی نشان داد که سه ترکیب </span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Terchebin</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">، </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Chebulinic Acid</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> و </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:12.0pt;">Terflavin A</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> برهم</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">کنش</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های موثرتری را با آنزیم مورد بررسی ایجاد می</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">کنند.</span></span></span><br> <strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">نتیجه</span></span></span></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">گیری</span></span></span></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">: بر اساس نتایج به دست آمده از این پژوهش می</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">توان نتیجه گرفت که ترکیبات مورد مطالعه نامزد</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های مناسبی جهت بررسی آزمایشگاهی و درون تنی با هدف معرفی دارو</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های ضد هپاتیت ب می</span></span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">‌</span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">باشند. </span></span></span><br> &nbsp; <div style="text-align: justify;"><span style="font-family:times new roman;"><span style="font-size: 14px;">&nbsp;<br> <strong>Abstract</strong><br> <strong>Background</strong><strong>:</strong> Hepatitis B virus infection (HBV) is a significant global health problem and is a major cause of morbidity and mortality worldwide. Therefore, currently, introducing novel anti Hepatitis B drugs is taken into consideration. This study was planned to in silico screening novel Hepatitis B&nbsp;virus&nbsp;DNA polymerase inhibitors from two medicinal plants Terminalis chebula and Caesalpinia sappan.<br> <strong>Materials and Methods:</strong> This is a descriptive-analytic study. In the study, three-dimensional structure&nbsp;of the&nbsp;Hepatitis B&nbsp;virus&nbsp;DNA polymerase was predicted using homology modeling method. A set of phytochemicals from mentioned plants were retrieved from Pubchem database in SDF format. In silico screening was carried out using molecular docking between mentioned phytochemicals and modeled polymerase by iGemdock 2.1 software.<br> <strong>Results:</strong> Results of the study confirmed that all evaluated ligands have appropriate interactions to the polymerase with least toxicity and without genotoxicity potential. Results also showed that most interactions occur in reverse transcriptase domain which located in 354-694 area in the amino acid sequence of tested polymerase. Analysis of energy and amino acids involved in ligand-polymerase interaction revealed that Terchebin, Chebulinic Acid and Terflavin A have more effective interaction with the polymerase in compared to other ligands.<br> <strong>Conclusion:</strong> Based on the results it can be concluded that evaluated compounds could be good candidates for in vitro and in vivo research in order to develop novel anti- Hepatitis B&nbsp;drugs.</span></span></div> <div style="text-align: justify;"></div> آنزیم DNA پلیمراز, بیوانفورماتیک, گیاه دارویی, ویروس هپاتیت ب DNA polymerase, Hepatitis B virus, In Silico, Medicinal plant 89 102 http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3278-6&slc_lang=fa&sid=1 Mokhtar Nosrati مختار نصرتی Mokhtar.nosrati1393@gmail.com 4600319475328460062698 4600319475328460062698 Yes Department of Biotechnology, Faculty of Advanced Sciences and Technologies, University of Isfahan, Isfahan, Iran گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فنآوری‌های نوین، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران Zahra Shakeran زهرا شاکران shakeran123@yahoo.com 4600319475328460062699 4600319475328460062699 No Department of Biotechnology, Faculty of Advanced Sciences and Technologies, University of Isfahan, Isfahan, Iran گروه بیوتکنولوژی، دانشکده علوم و فنآوری‌های نوین، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران Zainab Shakeran زینب شاکران zshakeran@yahoo.com 4600319475328460062700 4600319475328460062700 No Department of Biology, Faculty of Sciences, University of Isfahan, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران