fa پیش بینی بیوانفورماتیکی miRNA‌های هدف گیرنده ژن‌های HBx و NOTCH1 در هپاتوسلولار کارسینوما ناشی از هپاتیت Bمزمن علوم پایه Basic Sciences پژوهشي اصیل Original Atricle <p dir="RTL" style="margin-right: 28.9pt; text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family: nasimyw;"><strong>چکیده</strong></span></span></p> <p dir="RTL" style="margin-right: 28.9pt; text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family: nasimyw;"><strong>زمینه و هدف:</strong> هپاتوسلولار کارسینوما(<span dir="LTR">HCC</span>) سومین عامل اصلی مرگ ناشی از سرطان در سراسر جهان محسوب می‌شود. ویروس هپاتیت <span dir="LTR">B</span> و ژن <span dir="LTR">HBx</span> آن به واسطه تداخل در مسیرهای سیگنالینگ نقش بسیار مهمی در پیشرفت سرطان <span dir="LTR">HCC</span> دارند. هم‌چنین به دلیل عدم وجود علائم بالینی در مراحل اولیه&rlm;ی ابتلا، ضرورت شناسایی مارکرهای اختصاصی با حساسیت بالا جهت شناسایی زود هنگام افراد مبتلا به <span dir="LTR">HCC</span> احساس می‌گردد. از سوی دیگر، با پیشرفت و توسعه علوم بیوانفورماتیک، امکان پیش&rlm; بینی انواع مختلفی از <span dir="LTR">miRNA</span>ها و ژن&rlm;های هدف این بیومارکرها به وجود آمده است. بدین &rlm;منظور، در این مطالعه با توجه به داده&rlm;‌های حاصل از نرم افزارهای بیوانفورماتیک با الگوریتم&rlm;های مختلف، <span dir="LTR">miRNA</span>های هدف گیرنده ژن&rlm;های <span dir="LTR">HBx</span> و <span dir="LTR">NOTCH1</span> براساس بالاتر بودن امتیاز، اتصال مناسب با ژن هدف و تایید در نرم افزار‌های بیشتر انتخاب و معرفی گردیدند.</span></span></p> <p dir="RTL" style="margin-right: 28.9pt; text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family: nasimyw;"><strong>مواد و روش&rlm; ها:</strong> ابتدا توالی ژن&rlm; های <span dir="LTR">HBx</span> و <span dir="LTR">NOTCH1</span> از سایت <span dir="LTR">NCBI</span> دریافت گردید و سپس با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک <span dir="LTR">TargetScan</span>، <span dir="LTR">mirWalk</span> ، <span dir="LTR">miRBase</span> ، <span dir="LTR">Miranda</span> ، <span dir="LTR">PicTar</span> ، <span dir="LTR">miRVir</span> و <span dir="LTR">DIANA</span> به بررسی و پیش<strong>&rlm;</strong>گویی <span dir="LTR">miRNA</span>ها پرداخته شد.</span></span></p> <p dir="RTL" style="margin-right: 28.9pt; text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family: nasimyw;"><strong>یافته&rlm; ها: </strong>با توجه به امتیاز دهی توسط نرم افزار‌های بیوانفورماتیک و بالاتر بودن امتیاز و هدف گیری مناسب تر،<span dir="LTR">miR-34a</span> به عنوان هدف گیرنده ژن <span dir="LTR">NOTCH1</span> و <span dir="LTR">miR-6510</span>، <span dir="LTR">miR-5193</span> و <span dir="LTR">miR-214</span> به عنوان عوامل هدف گیرنده ژن<span dir="LTR">HBx</span> معرفی گردیدند.</span></span></p> <p dir="RTL" style="margin-right: 28.9pt; text-align: justify;"><span style="font-size:14px;"><span style="font-family: nasimyw;"><strong>نتیجه&rlm; گیری: </strong>با توجه به نقش تومورساپرسوری <span dir="LTR">miR-214</span> و <span dir="LTR">miR-34a</span> در انواع سرطان‌ها احتمالا بتوان از آن‌ها به عنوان استراتژی درمانی در تحقیقات سرطان استفاده کرد. هم‌چنین به نظر می‌رسد که <span dir="LTR">miR-5193</span> یکی از مارکرهای اختصاصی در تشخیص سرطان <span dir="LTR">HCC</span> باشد.</span></span></p> <p style="text-align: justify"><span style="font-size: 14px"><span style="font-family: times new roman"><strong>Abstract</strong></span></span></p> <p style="text-align: justify"><span style="font-size: 14px"><span style="font-family: times new roman"><strong><em>Background:</em></strong> Hepatocellular carcinoma (HCC) is the third major cause of cancer death worldwide. Hepatitis B virus (HBV) and HBx gene play an important role in the development of HCC by influencing signaling pathways. Since there is no detectable symptom in the early phase of HCC, there is need to find new HCC-specific markers with high sensitivity for early detection and diagnosis of HCC. On the other hand, by the advent and development of bioinformatic sciences, it is now possible to predict miRNAs as biomarkers, and their targets. Therefore, in the present study, based on the results of the bioinformatic software applications with different algorithm, we selected the miRNA targeting HBx and NOTCH1 mRNAs according to higher score, suitable connection with target gene and confirming them in more softwares.</span></span></p> <p style="text-align: justify"><span style="font-size: 14px"><span style="font-family: times new roman"><strong><em>Materials and Methods:</em></strong> First, the sequences of NOTCH1 and HBx genes were retrieved from NCBI. Afterwards, several software applications such as TargetScan, mirWalk, miRBase, Miranda, PicTar, miRVir, and DIANA were applied to predict miRNAs.</span></span></p> <p style="text-align: justify"><span style="font-size: 14px"><span style="font-family: times new roman"><strong><em>Results:</em></strong> Based on the high scoring by bioinformatics softwares and suitable targeting, miR-34a were selected to target NOTCH1 and miR-6510, miR-5193 and miR-214 were chosen to targetHBX gene.</span></span></p> <p style="text-align: justify"><span style="font-size: 14px"><span style="font-family: times new roman"><strong><em>Conclusion:</em></strong> Because of tumor suppression roles of miR-214 and miR-34a, they probably could be used as therapeutic strategy in cancer researches. It is also seems that the miR-5193 could act as a specific marker in Hepatocellular carcinoma.</span></span></p> بیوانفورماتیک, هپاتوسلولار کارسینوما, miRNA Bioinformatics, Hepatocellular carcinoma, MicroRNA 89 101 http://jams.arakmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3686-2&slc_lang=fa&sid=1 Niloofar Moradi نیلوفر مرادی n.moradi@arakmu.ac.ir 4600319475328460053154 4600319475328460053154 No MSc of Biotechnology گروه زیست فن‏آوری و پزشکی مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران Mehdi Paryan مهدی پریان M_paryan@pasteur.ac.ir 4600319475328460053155 4600319475328460053155 No Department of Research and Development, Production and Research Complex, Pasteur Institute of Iran, Tehran, Iran بخش تحقیق و توسعه، مجتمع تولیدی و تحقیقاتی انستیتوپاستور ایران، تهران، ایران Behzad Khansarinejad بهزاد خوانساری نژاد Behzad.khansarinejad@arakmu.ac.ir 4600319475328460053156 4600319475328460053156 No Department of Microbiology and Immunology, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran گروه میکروب شناسی و ایمنی شناسی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران Mohammad Rafiei محمد رفیعی Rafeie@yahoo.com 4600319475328460053157 4600319475328460053157 No Department of Biostatistics, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran گروه آمارزیستی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران Mahdieh Mondanizadeh مهدیه موندنی زاده m.mondanizadeh@arakmu.ac.ir 4600319475328460053158 4600319475328460053158 Yes Department of Biotechnology and Molecular Medicine, Arak University of Medical Sciences, Arak, Iran گروه زیست فناوری و پزشکی مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایران