جستجو در مقالات منتشر شده


7 نتیجه برای Mirna
مطالعه همراهی پلی مورفیسم miR196a2 rs11614913 با خطر بروز سقط مکرر ایدیوپاتیک
مونا امین بیدختی، رضا میرفخرایی، شهره زارع کاریزی، فاطمه کرم الدین، میرداود عمرانی، ناصر سلسبیلی،
دوره 18، شماره 8 - ( 8-1394 )
چکیده

زمینه و هدف: سقط مکرر (RPL)، به وقوع دو یا تعداد بیشتر سقط پشت سر هم قبل از هفته‏ی بیستم بارداری اطلاق می‌شود. برخی از دلایل عمده‏ی RPL نقایص آناتومیک رحمی، عفونت‏ها، فاکتورهای ژنتیکی، ایمنی و محیطی می‌باشند. با این وجود، در بسیاری از موارد، علت RPL نامشخص است که به آن ایدیوپاتیک گفته می‌شود. اخیرا، مطالعات نشان دهنده‏ی نقش میکرو RNA‏ها در اندومتریوز، پره‏اکلامپسی، ناباروری و سقط مکرر می‌باشند. به همین جهت، هدف از این مطالعه بررسی همراهی چندشکلی miR-196a2C>T (rs11614913) با خطر بروز سقط مکرر در خانم‏های ایرانی می‌باشد.

مواد و روش‏ها: در این مطالعه‏ مورد- شاهدی، 183 خانم ایرانی شامل 83 بیمار با سابقه حداقل دو سقط پشت سر هم با علت نامشخص و 100 فرد کنترل سالم با حداقل سابقه یک تولد زنده و بدون هیچ گونه سابقه سقط مورد بررسی قرار گرفتند. بیمارانی که دلیل سقط مکرر آن‌ها عوامل آناتومیک، هورمونی، کروموزومی، عفونت، بیماری‌های خودایمنی یا اختلالات انعقادی بود، از گروه مورد مطالعه کنار گذاشته شدند. تعیین ژنوتیپ با روش Tetra ARMS PCRانجام گرفت.

یافته‏ها: تفاوت معنی‏داری در توزیع ژنوتیپی miR-196a2 rs11614913 در خانم‏های دارای سقط مکرر در مقایسه با افراد سالم، با مقدار p برابر با 04/0 و نسبت شانس 96/2 مشاهده شد(03/7-03/1 CI: 95 درصد).

نتیجه‏گیری: نتایج تحقیق حاضر بیان‌گر شواهدی مبنی بر همراهی واریانت ژنتیکی miR-196a2 و سقط مکرر می‌باشد. مطالعات بیشتر برای ارزیابی اهمیت واریانت ژنتیکی مطالعه شده در جمعیت‏‏های متفاوت و بررسی اثر تنظیمی این واریانت بر ژن‏های هدف مورد نیاز می‌باشد.


انتخاب ژن رفرانس مناسب جهت نرمالیزه کردن داده های کمّی سنجش میکرو RNAها در نمونه پلاسمای افراد مبتلا به سرطان معده
پگاه پروایی، مهدیه موندنی زاده، بهزاد خوانساری نژاد، امیر نادر امامی رضوی،
دوره 19، شماره 5 - ( 5-1395 )
چکیده

زمینه و هدف: میکرو  RNAهای موجود در گردش خون بیومارکرهایی امیدبخش برای تشخیص و ارزیابی بیماران مبتلا به سرطان می‌باشد. آزمون واکنش زنجیره ای پلی مراز کمی زمان واقعی(RT-qPCR) روشی حساس برای برآورد میزان بیان میکرو RNA ها است. با این وجود، در حال حاضر هیچ توافقی برای انتخاب ژن‌های رفرنس مناسب برای آنالیزهای qPCR بر روی میکرو RNA در گردش خون وجود ندارد. از این رو، هدف از این مطالعه انتخاب ژن رفرنس مناسب جهت نرمالیزه کردن نتایج RT-qPCR در نمونه‌های پلاسمای بیماران مبتلا به سرطان معده بوده است.

مواد و روش‌ها: بر اساس مطالعات پیشین سه مولکول SNORD47، U6 و miR-103 به عنوان ژن رفرنس منتخب مورد بررسی قرار گرفتند. بدین ترتیب بعد از استخراج از نمونه‌های پلاسمای 40 بیمار مبتلا به سرطان معده و 40 نفر سالم، سطوح بیان این مولکول‌ها به روش Real-time PCR ارزیابی شد.

یافته‌ها: نتایج نشان داد که تست‌های طراحی شده قادر به تشخیص حساس اهداف تعیین شده در یک دامنه خطی مناسب می‌باشند. بر اساس مقایسه دو گروه افراد بیمار و سالم، اگرچه میزان بیان مولکول miR-103 بین دو گروه یکسان نبود (017/0p=)، RNAهای SNORD47 و U6 دارای تغیرات سطوح بیانی مشابه بودند. با این وجود تغییرات در بیان مولکول SNORD47 کمتر از مولکول U6 بود.

نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که مولکول SNORD47 دارای سطوح بیانی پایداری در نمونه پلاسمای افراد مبتلا به سرطان معده و افراد سالم است و می‌تواند به عنوان یک ژن رفرانس مناسب جهت نرمالیزه کردن داده‌های کمّی تست qPCR مورد استفاده قرار گیرد.


پیش بینی بیوانفورماتیکی miRNA‌های هدف گیرنده ژن‌های HBx و NOTCH1 در هپاتوسلولار کارسینوما ناشی از هپاتیت Bمزمن
نیلوفر مرادی، مهدی پریان، بهزاد خوانساری نژاد، محمد رفیعی، مهدیه موندنی زاده،
دوره 19، شماره 12 - ( 12-1395 )
چکیده

چکیده

زمینه و هدف: هپاتوسلولار کارسینوما(HCC) سومین عامل اصلی مرگ ناشی از سرطان در سراسر جهان محسوب می‌شود. ویروس هپاتیت B و ژن HBx آن به واسطه تداخل در مسیرهای سیگنالینگ نقش بسیار مهمی در پیشرفت سرطان HCC دارند. هم‌چنین به دلیل عدم وجود علائم بالینی در مراحل اولیه‏ی ابتلا، ضرورت شناسایی مارکرهای اختصاصی با حساسیت بالا جهت شناسایی زود هنگام افراد مبتلا به HCC احساس می‌گردد. از سوی دیگر، با پیشرفت و توسعه علوم بیوانفورماتیک، امکان پیش‏ بینی انواع مختلفی از miRNAها و ژن‏های هدف این بیومارکرها به وجود آمده است. بدین ‏منظور، در این مطالعه با توجه به داده‏‌های حاصل از نرم افزارهای بیوانفورماتیک با الگوریتم‏های مختلف، miRNAهای هدف گیرنده ژن‏های HBx و NOTCH1 براساس بالاتر بودن امتیاز، اتصال مناسب با ژن هدف و تایید در نرم افزار‌های بیشتر انتخاب و معرفی گردیدند.

مواد و روش‏ ها: ابتدا توالی ژن‏ های HBx و NOTCH1 از سایت NCBI دریافت گردید و سپس با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک TargetScan، mirWalk ، miRBase ، Miranda ، PicTar ، miRVir و DIANA به بررسی و پیش‏گویی miRNAها پرداخته شد.

یافته‏ ها: با توجه به امتیاز دهی توسط نرم افزار‌های بیوانفورماتیک و بالاتر بودن امتیاز و هدف گیری مناسب تر،miR-34a به عنوان هدف گیرنده ژن NOTCH1 و miR-6510، miR-5193 و miR-214 به عنوان عوامل هدف گیرنده ژنHBx معرفی گردیدند.

نتیجه‏ گیری: با توجه به نقش تومورساپرسوری miR-214 و miR-34a در انواع سرطان‌ها احتمالا بتوان از آن‌ها به عنوان استراتژی درمانی در تحقیقات سرطان استفاده کرد. هم‌چنین به نظر می‌رسد که miR-5193 یکی از مارکرهای اختصاصی در تشخیص سرطان HCC باشد.


بررسی میزان بیان miRNA جهت تشخیص زودهنگام سرطان با استفاده از دروازه‌های منطقی DNA
طاهره یحیی، شهره زارع کاریزی، علی جهانیان،
دوره 20، شماره 9 - ( 9-1396 )
چکیده
چکیده
زمینه و هدف: محاسبات مبتنی بر DNA زمینه تحقیقاتی نوینی است که امکان محاسبه و تصمیم‏گیری درون بافت زنده را با دقت بسیار بالا فراهم می‏کند. پژوهش‏های نوین گویای آن است که میزان بیان بیومارکرهایی نظیر miRNA با وقوع شرایط رخداد بیماری‌هایی مانند انواع سرطان‌‏ها رابطه معناداری دارد. محاسبات DNA به عنوان روشی کم‏هزینه‏، سریع و دقیق برای تشخیص این بیومارکرها معرفی شده است. در این پژوهش روند آزمایشگاهی ساخت گیت‏های منطقی مبتنی بر DNA با هدف تشخیص میزان بیان miR-21 به عنوان بیومارکر سرطان ریه بررسی ‌شده است.
مواد و روش­ ها: ابتدا رشته­ مورد نیاز برای طراحی گیت DNA سنتز گردید. سپس دو رشته‏ای گیت منطقی با انجام یک گرادیان دمایی ایجاد شده و در یک پروسه دقیق با استفاده از الکتروفورز تخلیص شده است. این دو رشته به عنوان ماشین محاسبه منطقی برای تشخیص سطح بیان miR-21 استفاده می­شود. ورودی گیت طراحی‌شده، رشته miR-21 است و پس از انجام محاسبه، میزان بیان miR-21 با اندازه‏گیری مقدار فلورسنت آزاد شده، مشخص می‏شود.
یافته ­ها: گیت منطقی طراحی‌شده در ابتدا روی رشته‏های ورودی سنتز شده سپس روی بافت توموری واقعی تست شده است. نتایج آزمایش‏های انجام‌شده نشان‏دهنده آن است که میزان قدرت تفکیک به دست آمده، حدود 5/2 برابر بهتر از روش‌های مشابه می‏باشد.
نتیجه­ گیری: نتایج آزمایش گیت منطقی روی بافت توموری نیز موفقیت‌آمیز بوده و قابلیت‏های روش ارائه‌شده را تأیید می‏نماید. نتایج گویای آن است که این روش از نظر زمان انجام و هزینه در حد قابل‌توجهی از روش‏ Real time PCR مناسب‏تر می‏باشد.
 

محیط احاطه کننده تومور
اعظم احمدی، علی آرش انوشیروانی،
دوره 21، شماره 6 - ( 9-1397 )
چکیده
سرطان یک بیماری چند عاملی است که در اثر عوامل محیطی و ژنتیکی متعدد ایجاد می‌شود. ژن‌های دخیل در بروز سرطان را به چند گروه شامل پروتوآنکوژن‌ها، ژن‌های سرکوب‌گر تومور، ژن‌های دخیل در پایداری ژنوم و مهاجرت سلول طبقه‌بندی می‌کنند. در اثر تجمع تغییرات ژنتیکی، توده توموری ایجادشده، منبع خونی برای تغذیه و تداوم رشد خود را کسب می‌کند. توده توموری مجموعه‌ای از سلول‌های منفرد نیست و برهم کنش‌های دوطرفه با محیط در برگیرنده خود دارد. محیط دربرگیرنده تومور (TME) عملکرد مشابهی با کنام سلول‌های بنیادی داشته که پیشرفت تومور و ایجاد متاستاز را متاثر می‌نماید. مطالعه ماهیت این محیط در تشخیص و درمان مولکولی سرطان موثر است و اطلاعات ارزشمند و جدیدی برای کنترل بدخیمی تومور و ارزیابی خطر فراهم می‌کند (1). در این مقاله به بررسی عناصر تشکیل‌دهنده TME و اهداف مولکولی درمان سرطان پرداخته می‌شود.
شناسایی TME توسط پروفایل‌های سلولی و مولکولی نشان می‌دهد که در این محیط انواع متفاوت سلول وجود دارند که ضمن تحریک تغییر نئوپلاستیک و متاستاز، تومور را از سیستم ایمنی میزبان محافظت نموده و منجر به مقاومت به درمان می‌شوند (2). از میان انواع متفاوت سلول‌های حاضر در TME، شامل سلول‌های پارانشیمال تومور، فیبروبلاست، سلول‌های اپی‌تلیال و التهابی، ماتریکس خارج سلولی و مولکول‌های پیام‌رسان، خون و رگ‌های لنفی، فیبروبلاست‌ها بیشترین تعداد سلول را به خود اختصاص می‌دهند. در مراحل اولیه سرطان‌زایی، فیبروبلاست‌های نرمال از رشد تومور جلوگیری می‌کنند. به مرور با ایجاد تغییرات ژنتیکی، این سلول‌ها با کمک عوامل التهابی، فاکتورهای رشدی را آزاد می‌کنند که یا مستقیماً سلول‌های تحریک‌کننده تکثیر تومور را متاثر می‌نمایند و یا به‌صورت غیرمستقیم آپپتوز را با تحریک رشد و القای آنژیوژنز مهار می‌کنند. در مجموع، با درگیرشدن تعداد متنوعی از عوامل سلولی و پیام‌های مولکولی، سیستم پیچیده‌ای از برهم‌کنش‌ها ایجاد می‌شود
(3، 4).
در یک TME، میان‌کنش‌های دوطرفه سلول‌های توموری با ماتریکس خارج سلولی (ECM)، ماکروفاژهای مرتبط با تومور (TAM)، فیبروبلاست‌های تمایزیافته (CAF)، سلول‌های بنیادی مزانشیمی (MSC) و سلول‌های اندوتلیال (EC) به اثبات رسیده است. این ارتباطات با کمک کموکاین‌ها، فاکتورهای رشد، ماتریکس متالوپروتئازها (MMP) و پروتئین‌های ECM برقرار شده و نهایتاً منجر به مهاجرت، حمله به اندام‌های دوردست و ایجاد متاستاز می‌شود (5). TME با ایجاد تغییرات در فراخوانی سلول‌های استرومال و ایمنی، بافت را بازسازی کرده و در تومور تغییرات متابولیکی ایجاد می‌کند. این بازسازی در یک محیط القایی پیش‌برنده تومور، مشابه ناحیه اطراف یک زخم است که توسط مجموعه‌ای از سلول‌ها احاطه می‌شود (6). بسته به نوع سرطان، بیش از ۴۰ درصد CAFها می‌توانند مشتق از سلول‌های پیش‌ساز مغز استخوان باشند که به مکان تومور در حال رشد فراخوانده می‌شوند. اگرچه، CAFها هم‌چنین ممکن است ناشی از سلول‌های سرطانی اپی تلیالی یا فیبروبلاست‌های ساکنی باشند که به میوفیبروبلاست تمایز یافته‌اند. در تومورهای اپی‌تلیالی، فیبروبلاست‌ها عمدتاً از طریق ترشح فاکتورهای رشد و کموکاین‌ها منجر به ایجاد یک ماتریکس خارج سلولی تغییریافته شده و سیگنال‌های تکثیر و متاستاز را افزایش داده و نهایتاً منجر به تحریک پیشرفت تومور می‌شوند (7). ماتریکس خارج سلولی نیز داربستی از سلول‌های التهابی، رگ‌های لنفی و عصب را تشکیل می‌دهد. به‌طورکلی، در پدیده متاستاز، تومورهای مهاجم بایستی توانایی حرکت، ظرفیت تجزیه ماتریکس خارج سلولی بافت، تشکیل رگ‌های خونی جدید، بقا در خون و تثبیت در یک محیط بافتی جدید را کسب کنند. در مطالعاتی که برای شناخت چگونگی کسب این قابلیت‌ها در سلول‌های سرطانی انجام شده، مشخص شده است TME اهمیت حیاتی در ایجاد این پدیده دارد. TME با ارسال سیگنال‌هایی به سلول‌های استرومایی یا غیر بدخیم و فعال‌کردن رونویسی برخی از ژن‌ها، حمله تومور به بافت‌های دوردست و محیط جدید را تثبیت می‌کند (8، 9). هم‌چنین، سلول‌های پیش‌ساز آنژیوژنز که تحت شرایط هیپوکسی به TME فراخونده شده‌اند با متاستاز در ارتباط هستند. برخی از مطالعات نشان می‌دهند که مولکول‌هایی تحت عنوان miRNA تنظیم‌کننده اصلی این فعالیت بوده و منجر به تغییر فیبروبلاست‌ها در TME می‌شوند. MiR-21، miR-31، miR-214 و miR-155 نقش مهمی در تمایز فیبروبلاست‌های نرمال به CAF دارند (10). هرچند عملکرد miRNAها در TME هنوز هم به‌طور کامل شناسایی نشده است، اما مطالعات حاکی از این است که miRNAهای تولیدشده توسط سلول‌هایTME ، به‌خصوص CAFها، روی رشد تومور اثر می‌گذارند (11). موسومسی و همکاران نقش miRNAها در TME را در سرطان پروستات نشان دادند. در مطالعه آن ها مشخص شد در این سرطان بیان  miR-15aوmiR-16 در فیبروبلاست‌های حاضر در TME کاهش می‌یابد و آنکوژن‌هایی مانند Bcl-2 و اجزای مسیر WNT توسط این miRNAها هدف‌گیری می‌شوند (12).
استراتژی‌های مختلفی برای هدف قرار دادن اجزای TME در درمان سرطان پیشنهاد شده است (2). مسدود نمودن فراخوانی و فعال‌سازی سلول‌های استرومال در TME یکی از این راهکارهاست و داروی Avastin در درمان سرطان کلون و گلیوبلاستوما بر همین اساس طراحی شده است. برخی داروها نیز میان‌کنش بین سلول‌های TME با تومور و یا آنژیوژنز، ECM و ترکیبات التهابی در TME را مورد هدف قرار می‌دهند. siltuximab یک آنتی بادی ضد IL-6 انسانی است که مسیر فعالیت IL-6/STAT3 را در سلول‌های سرطانی مهار می‌کند و اثرات درمانی آن در مدل‌های زنوگرافت گزارش شده است. اثر این دارو نیز در فاز II کلینیکال تریال در سرطان تخمدان مقاوم به platinum در دست مطالعه است. شناسایی دقیق تر شبکه های ژنی و مسیرهای سلولی به بهبود درک ما از پاتوژنز سرطان و پیشرفت روش‌های درمانی کمک می‌کند. بنابراین علاوه بر کنترل مسیرهای پیام‌رسان در داخل تومور، شناسایی TME مرتبط با آن نیز ضرورت دارد. اگرچه علی رغم شناسایی اهمیت TME در سرطان‌زایی، با توجه به تعدد سلول‌های درگیر در آن، منشا ایجاد جهش های مولکولی در اجزای آن هنوز هم به‌طور کامل مشخص نشده است و نیازمند اجرای مطالعات گسترده در این زمینه می‌باشد.
 
 

پیش‌بینی بیوانفورماتیکی miRNA‌های هدف گیرنده ژن‌های BAFF و APRIL در بیماران مبتلا به لوسمی لنفوسیتی مزمن
مهدیه موندنی زاده، نیلوفر مرادی، راضیه امینی، بهزاد خوانساری نژاد، قاسم مسیبی،
دوره 22، شماره 5 - ( 9-1398 )
چکیده
زمینه و هدف لوسمی لنفوسیتی مزمن شایع‌ترین لوسمی در بزرگسالان است که حدود 25 تا 30 درصد از کل لوسمی‌ها را شامل می‌شود. از علل مهم اتیولوژیک این لوسمی می‌توان به اختلال در مسیر پیام‌رسانی NF-kB اشاره کرد. دو پروتئین APRIL و BAFF با تأثیر در مسیر پیام‌رسانی NF-kB در بیماری‌زایی این لوسمی ایفای نقش می‌کنند. بنابراین در مطالعه پیش رو با توجه به اثر تنظیمی miRNA‌ها در بسیاری از فرایندهای سلولی، به پیش‌گویی miRNA‌های شاخص هدف گیرنده ترانسکریپت‌های مربوط به APRIL و BAFF با استفاده از نرم‌افزار‌های بیوانفورماتیکی مختلف و اختصاصی پرداخته شد.
مواد و روش ها بعد از دریافت توالی پروتئین‌های APRIL و BAFF از سایت NCBI، با کمک پایگاه‌های بیوانفورماتیکی miRanda، TargetScan، miRWalk، DIANA و miRDB با الگوریتم‌های متفاوت به بررسی و پیش‌گویی miRNA‌های هدف گیرنده ژن‌های مذکور پرداخته شد.
ملاحظات اخلاقی این مطالعه در کمیته اخلاق دانشگاه علوم پزشکی اراک تصویب شده است.
یافته ها درنهایت بر اساس امتیازدهی توسط نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک مذکور و بالاتربودن امتیاز و هدف‌گیری مناسب‌تر، has-miR-145-5p و has-miR-185-5p به عنوان miRNA‌های هدف گیرنده ژن APRIL و همچنین has-miR-424 و has-miR-497 به عنوان miRNA‌های هدف گیرنده ژن BAFF معرفی و برای فاز مطالعات عملی آینده انتخاب شدند.
نتیجه گیری با توجه به نقش مهم ژن‌های APRIL و BAFF در روند طبیعی مرگ سلولی و تکامل سلول‌های B به نظر می‌رسد می‌توان از این mi-RNA‌های پیش‌گویی‌شده با کمک پایگاه‌های بیوانفورماتیک با الگوریتم متفاوت به عنوان بیومارکرهای مولکولی تشخیصی در جهت شناسایی بیماران مبتلا به لوسمی لنفوسیتی مزمن سود جست.

پیش‌بینی بیوانفورماتیک miRNA‌های هدف‌گیرنده ژن‌های E6 و E7 ویروس پاپیلومای انسانی تیپ 16 و 18 در سرطان دهانه رحم
طاهره عظیمی، ملیحه باقری، مهدی پریان، بهزاد خوانساری نژاد، اشرف زمانی، مهدیه موندنی زاده،
دوره 23، شماره 3 - ( 5-1399 )
چکیده
زمینه و هدف: سرطان دهانه رحم (CC) سومین بدخیمی شایع در خانم‌هاست که عمده‌ترین علت ایجاد آن، ویروس پاپیلومای انسانی (HPV) است. دو انکوژن E6 و E7 این ویروس در روند تومورزایی آن نقش مهمی ایفا می‌کنند. امروزه، روش‌های موجود برای غربالگری CC توانایی تشخیص بیماری را در مراحل اولیه ندارند؛ بنابراین، شناسایی بیومارکر‌های جدید جهت تشخیص به‌موقع این سرطان حائز اهمیت است. بدین منظور، در مطالعه حاضر، miRNA‌های هدف‌گیرنده دو انکوژن E6 و E7 ویروس پاپیلومای انسانی (تیپ 16 و 18) در CC با روش‌های بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار گرفتند. 
مواد و روش ها: ابتدا با استفاده از پایگاه NCBI توالی ژن‌های E6 و E7 برای هر دو تیپ 16 و 18 ویروس پاپیلومای انسانی به دست آمد. سپس با استفاده از پایگاه‌های بیوانفورماتیکی miRBase و RNA22 مناسب ترین miRNA‌های هدف‌گیرنده ژن‌های مذکور انتخاب شدند.
ملاحظات اخلاقی: این مطالعه در کمیته اخلاق دانشگاه علوم‌پزشکی اراک تصویب شد.
یافته ها: با توجه به میزان p-value به‌دست‌آمده از پایگاه‌های بیوانفورماتیکی، miRNA‌های (p-value=7/51e-2) miR-92a-5p miR-195-3p (p-value=2.24e-1) ،‌miR-34a-5p (p-value=2.73e-1) و miR-155-5p (p-value=4.95e-2) برای دو ژن E6 و E7 معرفی شدند.
نتیجه گیری: نتایج حاصل از بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد از بین چهار miRNA شناسایی‌شده، احتمالاً miR-155-5p و miR-92a-5p به ترتیب به عنوان miRNA‌های هدف‌گیرنده اختصاصی ژن‌های E6 و E7 هستند؛ بنابراین، به نظر می‌رسد این miRNA‌ها می‌توانند کاندید مناسبی برای مطالعات آزمایشگاهی در بیماران مبتلا به CC باشند.

صفحه 1 از 1     

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به مجله دانشگاه علوم پزشکی اراک می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2025 CC BY-NC 4.0 | Journal of Arak University of Medical Sciences

Designed & Developed by : Yektaweb