جستجو در مقالات منتشر شده


2 نتیجه برای پایگاه‌های بیوانفورماتیک

مهدیه موندنی زاده، نیلوفر مرادی، راضیه امینی، بهزاد خوانساری نژاد، قاسم مسیبی،
دوره 22، شماره 5 - ( 9-1398 )
چکیده

زمینه و هدف لوسمی لنفوسیتی مزمن شایع‌ترین لوسمی در بزرگسالان است که حدود 25 تا 30 درصد از کل لوسمی‌ها را شامل می‌شود. از علل مهم اتیولوژیک این لوسمی می‌توان به اختلال در مسیر پیام‌رسانی NF-kB اشاره کرد. دو پروتئین APRIL و BAFF با تأثیر در مسیر پیام‌رسانی NF-kB در بیماری‌زایی این لوسمی ایفای نقش می‌کنند. بنابراین در مطالعه پیش رو با توجه به اثر تنظیمی miRNA‌ها در بسیاری از فرایندهای سلولی، به پیش‌گویی miRNA‌های شاخص هدف گیرنده ترانسکریپت‌های مربوط به APRIL و BAFF با استفاده از نرم‌افزار‌های بیوانفورماتیکی مختلف و اختصاصی پرداخته شد.
مواد و روش ها بعد از دریافت توالی پروتئین‌های APRIL و BAFF از سایت NCBI، با کمک پایگاه‌های بیوانفورماتیکی miRanda، TargetScan، miRWalk، DIANA و miRDB با الگوریتم‌های متفاوت به بررسی و پیش‌گویی miRNA‌های هدف گیرنده ژن‌های مذکور پرداخته شد.
ملاحظات اخلاقی این مطالعه در کمیته اخلاق دانشگاه علوم پزشکی اراک تصویب شده است.
یافته ها درنهایت بر اساس امتیازدهی توسط نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک مذکور و بالاتربودن امتیاز و هدف‌گیری مناسب‌تر، has-miR-145-5p و has-miR-185-5p به عنوان miRNA‌های هدف گیرنده ژن APRIL و همچنین has-miR-424 و has-miR-497 به عنوان miRNA‌های هدف گیرنده ژن BAFF معرفی و برای فاز مطالعات عملی آینده انتخاب شدند.
نتیجه گیری با توجه به نقش مهم ژن‌های APRIL و BAFF در روند طبیعی مرگ سلولی و تکامل سلول‌های B به نظر می‌رسد می‌توان از این mi-RNA‌های پیش‌گویی‌شده با کمک پایگاه‌های بیوانفورماتیک با الگوریتم متفاوت به عنوان بیومارکرهای مولکولی تشخیصی در جهت شناسایی بیماران مبتلا به لوسمی لنفوسیتی مزمن سود جست.

طاهره عظیمی، ملیحه باقری، مهدی پریان، بهزاد خوانساری نژاد، اشرف زمانی، مهدیه موندنی زاده،
دوره 23، شماره 3 - ( 5-1399 )
چکیده

زمینه و هدف: سرطان دهانه رحم (CC) سومین بدخیمی شایع در خانم‌هاست که عمده‌ترین علت ایجاد آن، ویروس پاپیلومای انسانی (HPV) است. دو انکوژن E6 و E7 این ویروس در روند تومورزایی آن نقش مهمی ایفا می‌کنند. امروزه، روش‌های موجود برای غربالگری CC توانایی تشخیص بیماری را در مراحل اولیه ندارند؛ بنابراین، شناسایی بیومارکر‌های جدید جهت تشخیص به‌موقع این سرطان حائز اهمیت است. بدین منظور، در مطالعه حاضر، miRNA‌های هدف‌گیرنده دو انکوژن E6 و E7 ویروس پاپیلومای انسانی (تیپ 16 و 18) در CC با روش‌های بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار گرفتند. 
مواد و روش ها: ابتدا با استفاده از پایگاه NCBI توالی ژن‌های E6 و E7 برای هر دو تیپ 16 و 18 ویروس پاپیلومای انسانی به دست آمد. سپس با استفاده از پایگاه‌های بیوانفورماتیکی miRBase و RNA22 مناسب ترین miRNA‌های هدف‌گیرنده ژن‌های مذکور انتخاب شدند.
ملاحظات اخلاقی: این مطالعه در کمیته اخلاق دانشگاه علوم‌پزشکی اراک تصویب شد.
یافته ها: با توجه به میزان p-value به‌دست‌آمده از پایگاه‌های بیوانفورماتیکی، miRNA‌های (p-value=7/51e-2) miR-92a-5p miR-195-3p (p-value=2.24e-1) ،‌miR-34a-5p (p-value=2.73e-1) و miR-155-5p (p-value=4.95e-2) برای دو ژن E6 و E7 معرفی شدند.
نتیجه گیری: نتایج حاصل از بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد از بین چهار miRNA شناسایی‌شده، احتمالاً miR-155-5p و miR-92a-5p به ترتیب به عنوان miRNA‌های هدف‌گیرنده اختصاصی ژن‌های E6 و E7 هستند؛ بنابراین، به نظر می‌رسد این miRNA‌ها می‌توانند کاندید مناسبی برای مطالعات آزمایشگاهی در بیماران مبتلا به CC باشند.


صفحه 1 از 1     

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به مجله دانشگاه علوم پزشکی اراک می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2025 CC BY-NC 4.0 | Journal of Arak University of Medical Sciences

Designed & Developed by : Yektaweb