زمینه و هدف: به دلیل توان بالای عفونت‏زایی و مقاومت‏های دارویی گزارش شده در ویروس HIV-1 طی سال‏های اخیر، پژوهش‏های زیادی در خصوص کشف و معرفی داروهای ضد ویروس HIV-1 انجام شده است. نتایج بررسی‏های متعدد نشان داده است که داروها و ترکیبات مهارکننده پروتئاز که سهم عمده‏ای از آنها را مشتقات گیاهی به ویژه ترپنوئیدها تشکیل می‏دهند، در کنترل عفونت ناشی از ویروس HIV-1 بسیار موثر می‏باشند. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیکی مهار آنزیم پروتئاز HIV-1 به وسیله‏ی داروهای استاندارد و ترکیبات تری ترپنوئیدی با منشا گیاهی و قارچی می‏باشد.

مواد و روش‏ها: این پژوهش به روش توصیفی –تحلیلی انجام گرفت. برای انجام این بررسی بیوانفورماتیکی، ساختار مربوط به داروها، ترکیبات تری ترپنی و آنزیم پروتئاز HIV-1 به ترتیب از پایگاه داده‏های C‏hem spider، Pubchem، HMDB و PDB دریافت شد. سپس داکینگ مولکولی به وسیله نرم افزار iGEMDOK2.1 انجام گرفت.

یافته‏ها: نتایج نشان داد که محل برهم‏کنش ترکیبات تری ترپنی همانند داروهای استاندارد، سه ناحیه حفاظت شده و کاتالیتیکی دومین مرکزی، فلاپ و دومین انتهای کربوکسیل خصوصا اسید آمینه‏های Asp25-Gly27-Ala28-ASP29-Asp30 واقع در جایگاه فعال پروتئاز HIV-1 می‏باشد. هم‏چنین بررسی برهم‏کنش‏های این نواحی نشان داد که استحکام میان‏کنش‏های ایجاد شده در این مناطق ارتباط مستقیمی با مقادیر IC50 این ترکیبات دارد.

نتیجه‏گیری: در پایان با توجه به اثر بخشی بالا و عمل اختصاصی تری ترپنوئیدها می‏توان نتیجه گرفت که این ترکیبات می‏توانند به عنوان داروهای موثرضد پروتئاز HIV-1 مطرح شوند.

زمینه و هدف: یکی از پروتئین‌های مهم ویروس HIV-1 به نام Nef نقش مهمی در چرخه تکثیر ویروس و پیشرفت بیماری ایدز دارد و القای پاسخ ایمنی بر ضد آن می‌تواند تا حدی عفونت ویروسی را مهار نماید. به علاوه، بخشی از ناحیه پروتئین فعال کننده رونویسی (Tat، اسید آمینه‌های 48 تا 60) از ویروس HIV توانسته است به عنوان یک پپتید نفوذ کننده سلولی (CPP) عمل نماید. در این تحقیق، برای اولین بار کلونینگ و بیان فیوژن Tat-Nef در باکتری اشرشیاکلی صورت گرفت. تأیید بیان پروتئین توسط آنالیز وسترن بلات و تخلیص آن از طریق روش رنگ آمیزی معکوس انجام شد.

مواد و روش‌ها: در این مطالعه تجربی، ابتدا کلونینگ فیوژن Tat-Nef در وکتور بیانی pGEX6p2 صورت گرفت. سپس القای بیان پروتئین نوترکیب Tat-Nef در باکتری اشرشیا کلی سویه BL21 (DE3) توسط القا کننده IPTG انجام شد. تأیید بیان از طریق تکنیک SDS-PAGE و وسترن بلات با استفاده از آنتی‌بادی منوکلونال ضد Nef صورت گرفت. سپس، تخلیص پروتئین فیوژن توسط تکنیک رنگ آمیزی معکوس از روی ژل انجام شد.

یافته‌ها: نتایج آنالیز PCR و هضم آنزیمی، وجود باند واضح حدود 726 جفت باز را روی ژل آگارز تأیید کرد که نشان‌گر کلونینگ صحیح فیوژن Tat-Nef در وکتور بیان پروکاریوتی pGEX6p2 بود. هم‌چنین، وجود باند پروتئینی حدود 54 کیلودالتون روی ژل SDS-PAGE نشان‌گر بیان پروتئین Tat-Nef بود که توسط آنتی‌بادی منوکلونال ضد Nef در آنالیز وسترن بلات تأیید شد.

 نتیجه‌گیری: پروتئین فیوژن نوترکیبTat-Nef تخلیص شده به عنوان یک آنتی ژن برای طراحی واکسن پروتئینی در مقابل  عفونت ویروس HIV استفاده خواهد شد.