جستجو در مقالات منتشر شده


8 نتیجه برای بیوانفورماتیک
بررسی بیوانفورماتیک عملکرد 124-miR بر روی فاکتورهای نسخه‌برداری دخیل در فرایند تمایز نورونی
مهدیه موندنی زاده، قاسم مسیبی، احسان عارفیان، مسعود سعیدی جم، بهزاد خوانساری نژاد،
دوره 17، شماره 2 - ( 2-1393 )
چکیده

زمینه و هدف: اگرچه ملکول 124-miR به عنوان یک القاکننده نوروژنز شناخته شده است، با این حال بررسی‌های انجام شده بر روی اهداف آن بسیار اندک است و مکانیسم‌های عملکرد آن در تمایز به سمت سلول‌های عصبی و نگهداری سلول‌های عصبی در حالت تمایز یافته ناشناخته می‌باشد. روش میکرواری به عنوان روش استاندارد برای مطالعه کلی ژن‌های تحت کنترل miRNAها مطرح است. با این حال هزینه بسیار زیاد این روش استفاده از آن را در اغلب مراکز علمی با محدودیت مواجه است. از سوی دیگر پیشرفت الگوریتم‌های بیوانفورماتیکی و سیستم‌های مدل‌سازی کامپیوتری منجر به توسعه نرم افزارهای بیوانفورماتیکی شده‌اند که توانایی پیش‌بینی اهداف mRNA برای mi-RNAها را دارند. از این‌رو هدف این پژوهش تئوری بررسی بیوانفورماتیک اثر 124-miR بر روی فاکتور‌های نسخه‌برداری دخیل در فرآیند تکثیر سلولی و تمایز به سمت سلول‌های ‌نورونی، با استفاده از نرم افزارهای مختلف و اختصاصی می‌باشد.

مواد و روش‌ها: با استفاده از الگوریتم‌های مختلف موجود در پایگاه‌های تارگت اسکن، دایانا و میرواک، فاکتورهای نسخه‌برداری که هدف بالقوه عملکرد 124-miR بودند، مشخص شدند. سپس از ژن‌های کاندید شده براساس متغیرهایی هم‎چون قدرت اتصال ناحیه هسته 124-miR و تعداد تکرار ناحیه هدف در قسمت ´3-UTR فاکتور رونویسی یک جدول امتیاز تهیه شد. در نهایت فاکتور رونویسی دارای بالاترین امتیاز به عنوان کاندید بررسی‌های عملی انتخاب گشت.

یافته‌ها: نتایج بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد که ملکول‌های LAMC1، ITGB1، PTBP1، SOX9، SP1 و EFNB1 با بیش‎ترین احتمال ممکن است در مسیر نورون‌زایی تحت اثر 124-miR قرار گیرند.

نتیجه‌گیری: به نظر می‌رسد که فاکتور نسخه برداری SP1 تحت کنترل 124-miR می‌باشد و نقش مهمی در فرآیند نوروژنز ایفا می‌کند. از این رو این پروتئین می‌تواند به عنوان کاندید جدید مناسبی جهت بررسی‌های تجربی در نظر گرفته شود.


بررسی داکینگ مولکولی آنزیم پروتئاز ویروس HIV-1 با ترکیبات تری ترپنوئیدی با منشأ گیاهی و قارچی
مختار نصرتی، ماندانا بهبهانی،
دوره 18، شماره 3 - ( 3-1394 )
چکیده

زمینه و هدف: به دلیل توان بالای عفونت‏زایی و مقاومت‏های دارویی گزارش شده در ویروس HIV-1 طی سال‏های اخیر، پژوهش‏های زیادی در خصوص کشف و معرفی داروهای ضد ویروس HIV-1 انجام شده است. نتایج بررسی‏های متعدد نشان داده است که داروها و ترکیبات مهارکننده پروتئاز که سهم عمده‏ای از آنها را مشتقات گیاهی به ویژه ترپنوئیدها تشکیل می‏دهند، در کنترل عفونت ناشی از ویروس HIV-1 بسیار موثر می‏باشند. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیکی مهار آنزیم پروتئاز HIV-1 به وسیله‏ی داروهای استاندارد و ترکیبات تری ترپنوئیدی با منشا گیاهی و قارچی می‏باشد.

مواد و روش‏ها: این پژوهش به روش توصیفی –تحلیلی انجام گرفت. برای انجام این بررسی بیوانفورماتیکی، ساختار مربوط به داروها، ترکیبات تری ترپنی و آنزیم پروتئاز HIV-1 به ترتیب از پایگاه داده‏های C‏hem spider، Pubchem، HMDB و PDB دریافت شد. سپس داکینگ مولکولی به وسیله نرم افزار iGEMDOK2.1 انجام گرفت.

یافته‏ها: نتایج نشان داد که محل برهم‏کنش ترکیبات تری ترپنی همانند داروهای استاندارد، سه ناحیه حفاظت شده و کاتالیتیکی دومین مرکزی، فلاپ و دومین انتهای کربوکسیل خصوصا اسید آمینه‏های Asp25-Gly27-Ala28-ASP29-Asp30 واقع در جایگاه فعال پروتئاز HIV-1 می‏باشد. هم‏چنین بررسی برهم‏کنش‏های این نواحی نشان داد که استحکام میان‏کنش‏های ایجاد شده در این مناطق ارتباط مستقیمی با مقادیر IC50 این ترکیبات دارد.

نتیجه‏گیری: در پایان با توجه به اثر بخشی بالا و عمل اختصاصی تری ترپنوئیدها می‏توان نتیجه گرفت که این ترکیبات می‏توانند به عنوان داروهای موثرضد پروتئاز HIV-1 مطرح شوند.


پیش بینی بیوانفورماتیکی miRNA‌های هدف گیرنده ژن‌های HBx و NOTCH1 در هپاتوسلولار کارسینوما ناشی از هپاتیت Bمزمن
نیلوفر مرادی، مهدی پریان، بهزاد خوانساری نژاد، محمد رفیعی، مهدیه موندنی زاده،
دوره 19، شماره 12 - ( 12-1395 )
چکیده

چکیده

زمینه و هدف: هپاتوسلولار کارسینوما(HCC) سومین عامل اصلی مرگ ناشی از سرطان در سراسر جهان محسوب می‌شود. ویروس هپاتیت B و ژن HBx آن به واسطه تداخل در مسیرهای سیگنالینگ نقش بسیار مهمی در پیشرفت سرطان HCC دارند. هم‌چنین به دلیل عدم وجود علائم بالینی در مراحل اولیه‏ی ابتلا، ضرورت شناسایی مارکرهای اختصاصی با حساسیت بالا جهت شناسایی زود هنگام افراد مبتلا به HCC احساس می‌گردد. از سوی دیگر، با پیشرفت و توسعه علوم بیوانفورماتیک، امکان پیش‏ بینی انواع مختلفی از miRNAها و ژن‏های هدف این بیومارکرها به وجود آمده است. بدین ‏منظور، در این مطالعه با توجه به داده‏‌های حاصل از نرم افزارهای بیوانفورماتیک با الگوریتم‏های مختلف، miRNAهای هدف گیرنده ژن‏های HBx و NOTCH1 براساس بالاتر بودن امتیاز، اتصال مناسب با ژن هدف و تایید در نرم افزار‌های بیشتر انتخاب و معرفی گردیدند.

مواد و روش‏ ها: ابتدا توالی ژن‏ های HBx و NOTCH1 از سایت NCBI دریافت گردید و سپس با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک TargetScan، mirWalk ، miRBase ، Miranda ، PicTar ، miRVir و DIANA به بررسی و پیش‏گویی miRNAها پرداخته شد.

یافته‏ ها: با توجه به امتیاز دهی توسط نرم افزار‌های بیوانفورماتیک و بالاتر بودن امتیاز و هدف گیری مناسب تر،miR-34a به عنوان هدف گیرنده ژن NOTCH1 و miR-6510، miR-5193 و miR-214 به عنوان عوامل هدف گیرنده ژنHBx معرفی گردیدند.

نتیجه‏ گیری: با توجه به نقش تومورساپرسوری miR-214 و miR-34a در انواع سرطان‌ها احتمالا بتوان از آن‌ها به عنوان استراتژی درمانی در تحقیقات سرطان استفاده کرد. هم‌چنین به نظر می‌رسد که miR-5193 یکی از مارکرهای اختصاصی در تشخیص سرطان HCC باشد.


غربال‌گری بیوانفورماتیکی مهارکننده‌های آنزیم DNA پلیمراز ویروس هپاتیت ب انسانی از گیاهان دارویی
مختار نصرتی، زهرا شاکران، زینب شاکران،
دوره 20، شماره 5 - ( 5-1396 )
چکیده
چکیده
زمینه و هدف: هپاتیت ب انسانی یکی از مشکلات عمده سلامت عمومی و از عوامل اصلی مرگ و میر در جهان است. بنابراین، اخیراً معرفی دارو‌های موثر ضد هپاتیت ب مورد توجه قرار گرفته است. هدف از بررسی حاضر، غربال‌گری بیوانفورماتیکی مهارکننده‌های جدید آنزیم DNA پلیمراز ویروس هپاتیت ب از دو گیاه Terminalis chebula و Caesalpinia sappan می‌باشد.
مواد و روش‌ها: این پژوهش به روش توصیفی –تحلیلی انجام شد. در پژوهش حاضر ، ساختار سه بعدی آنزیم DNA پلیمراز ویروس هپاتیت ب به روش هومولوژی مدل‌سازی شد. ترکیبات گیاهی مورد بررسی از گیاهان مذکور نیز از پایگاه داده‌های Pubchem در قالب SDF دریافت شد. غربال‌گری بیوانفورماتیکی با استفاده از داکینگ مولکولی بین ترکیبات گیاهی و آنزیم مدل‌سازی شده توسط نرم افزار 2.1 iGemdock انجام شد.
یافته‌ها: نتایج نشان داد که تمامی ترکیبات مورد بررسی دارای حداقل سمیت و بدون سمیت ژنتیکی بوده و برهم‌کنش‌های مناسبی را با پلیمراز مورد بررسی ایجاد می‌کنند. علاوه بر این، مشخص شد که اغلب برهم‌کنش‌ها در ناحیه‌ی رونوشت بردار معکوس در ناحیه‌ی 694-354 از توالی آمینواسیدی رخ می‌دهند. تحلیل انرژی و آمینواسید‌های درگیر در برهم‌کنش لیگاند-پلیمراز مورد بررسی نشان داد که سه ترکیب Terchebin، Chebulinic Acid و Terflavin A برهم‌کنش‌های موثرتری را با آنزیم مورد بررسی ایجاد می‌کنند.
نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از این پژوهش می‌توان نتیجه گرفت که ترکیبات مورد مطالعه نامزد‌های مناسبی جهت بررسی آزمایشگاهی و درون تنی با هدف معرفی دارو‌های ضد هپاتیت ب می‌باشند.
 
پیش‌بینی بیوانفورماتیک و معرفی برخی از‌microRNAهای هدف گیرنده‌ی ژن‌های Sirt1 و Bcl2 در مدل بیماری پارکینسون
مهسا رستمیان دلاور، مسعود باقی، الهه یادگاری، کامران قائدی،
دوره 20، شماره 8 - ( 8-1396 )
چکیده
چکیده
زمینه و هدف: استرس اکسیداتیو و اختلال کارکرد میتوکندری که منجر به مرگ آپوپتوزی در نورون‌ها می‌گردند، نقش مهمی در پاتوژنز پارکینسون ایفا می‌کنند. از طرفی، بر هم خوردن تنظیم ‌microRNA‌ها می‌تواند منجر به بروز بیماری مخرب اعصاب متعددی شود.  Sirt1و Bcl2 به ‌عنوان دو ژن کلیدی، روندهای پاتوژن هم چون اختلال کارکرد میتوکندری، استرس اکسیداتیو و آپوپتوز را در بیماری‌های مخرب اعصاب تنظیم می‌کنند.
مواد و روش‌ها:  به ‌منظور بررسی نقش‌‌microRNA ها در مدل بیماری پارکینسون، از دو پایگاه داده miRWalk 2.0  وTargetScan (v7) ‌ به‌منظور پیش‌بینی برهم­کنش‌های microRNA-هدف استفاده شد.
یافته‌ها: اثرات احتمالی microRNA‌های مختلف بر ژن‌های Bcl2 و Sirt1 در رت آنالیز شد. نتایج حاصل از پایگاه‌های داده نشان داد که microRNAهایی چون  rno-miR-449a، rno-miR-182،rno-miR-211، rno-miR-34b، rno-miR-34c، rno-miR-448، rno-miR-466b و rno-miR-96 با احتمال بسیار قوی می‌توانند موجب مهار بیان ژن‌ Bcl2 ‌شوند. هم‌چنینmicroRNA هایی چون rno-miR-181  ، rno-miR-211،  rno-miR-27a، rno-miR-449a، rno-miR-34c، rno-miR-30، rno-miR-200a و rno-miR-448  ژن Sirt1 را قویاً مهار می‌کنند.
نتیجه‌گیری: بر اساس یافته‌ها می‌توان چنین پیش‌بینی نمود که با توجه به امتیاز بالای microRNA‌‌های rno-miR-211، rno-miR-34c، rno-miR-448 وrno-miR-449a  دربر همکنش با ژن‌های Bcl2 و Sirt1 در
 پایگاه داده­ های‌ مزبور، اینmicroRNA ها احتمالاً می‌توانند نقش مؤثری درروند بیماری ایفا نمایند. بنابراین این microRNAها می‌توانند به ‌عنوان کاندیدهای مناسب جهت بررسی در مدل in vitro بیماری پارکینسون معرفی شوند.

‌غربال‌گری بیوانفورماتیکی مهارکننده‌‌های دو پروتئین E1 و E2 ویروس پاپیلومای انسانی از دوگیاه دارویی Phyllanthus emblica و Ficus religiosa
کمیل امینی، کامران منصوری،
دوره 21، شماره 5 - ( 7-1397 )
چکیده
زمینه و هدف: عفونت ناشی از ویروس پاپیلومای انسانی یکی از بیمارهای شایع، خطرناک و مرتبط با ایجاد سرطان در زنان است. بنابراین معرفی ترکیبات نوین دارویی علیه ویروس مذکور طی سال‌های اخیر بسیار مورد توجه قرار گرفته است. هدف این پژوهش، ‌غربال‌گری بیوانفورماتیکی مهارکننده‌‌‌‌‌های بالقوه‌ی پروتئین‌های E1 و E2 سروتایپ‌های 16، 18، 31، 33 و 45 ویروس مذکور از گیاهان دارویی بود.
مواد و روش‌ها: این پژوهش به روش توصیفی-تحلیلی انجام شد. ابتدا ساختار سه بعدی ترکیبات گیاهی از پایگاه داده‌های PubChem دریافت شده و پتانسیل سمیت سلولی و جهش‌زایی آن‌ها تعیین شد. توالی آمینواسیدی پروتئین‌های E1 و E2 از پایگاه داده‌های پروتئین (Uniprot) دریافت گردیده و نواحی حفاظت شده و متغیر آن‌ها با روش همردیفی چندگانه تعیین شد. ساختار سه بعدی پروتئین‌های مذکور با روش مدل‌سازی همسانی تعیین شده و قابلیت برهمکنش ترکیبات گیاهی با پروتئین‌های مذکور با استفاده از روش داکینگ مولکولی توسط نرم‌افزارAutodock  نسخه 6 .2 .4 بررسی شد.
یافته‌ها: نتایج نشان داد که اورسولیک اسید فاقد پتانسیل سمیت سلولی و جهش‌زایی بوده و خصوصیات فیزیکوشیمیایی مطلوبی دارد. علاوه بر این، مشخص شد که ترکیب مذکور قابلیت برهمکنش با پروتئین‌های E1 و E2 از تمامی سروتایپ‌های مورد مطالعه را دارد. بررسی نواحی برهمکنش اورسولیک اسید با پروتئین‌های مذکور نیز حاکی از درگیر شدن اسیدآمینه‌های حفاظت شده در بین سروتایپ‌‌‌‌های مورد بررسی است.
نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج حاصل از این پژوهش، اورسولیک اسید می‌تواند به عنوان گزینه‌ی مناسبی جهت بررسی‌های ‌بیش‌تر برون و درون تنی خواص ضد ویروس پاپیلومای انسان تلقی شود.

پیش‌بینی بیوانفورماتیکی miRNA‌های هدف گیرنده ژن‌های BAFF و APRIL در بیماران مبتلا به لوسمی لنفوسیتی مزمن
مهدیه موندنی زاده، نیلوفر مرادی، راضیه امینی، بهزاد خوانساری نژاد، قاسم مسیبی،
دوره 22، شماره 5 - ( 9-1398 )
چکیده
زمینه و هدف لوسمی لنفوسیتی مزمن شایع‌ترین لوسمی در بزرگسالان است که حدود 25 تا 30 درصد از کل لوسمی‌ها را شامل می‌شود. از علل مهم اتیولوژیک این لوسمی می‌توان به اختلال در مسیر پیام‌رسانی NF-kB اشاره کرد. دو پروتئین APRIL و BAFF با تأثیر در مسیر پیام‌رسانی NF-kB در بیماری‌زایی این لوسمی ایفای نقش می‌کنند. بنابراین در مطالعه پیش رو با توجه به اثر تنظیمی miRNA‌ها در بسیاری از فرایندهای سلولی، به پیش‌گویی miRNA‌های شاخص هدف گیرنده ترانسکریپت‌های مربوط به APRIL و BAFF با استفاده از نرم‌افزار‌های بیوانفورماتیکی مختلف و اختصاصی پرداخته شد.
مواد و روش ها بعد از دریافت توالی پروتئین‌های APRIL و BAFF از سایت NCBI، با کمک پایگاه‌های بیوانفورماتیکی miRanda، TargetScan، miRWalk، DIANA و miRDB با الگوریتم‌های متفاوت به بررسی و پیش‌گویی miRNA‌های هدف گیرنده ژن‌های مذکور پرداخته شد.
ملاحظات اخلاقی این مطالعه در کمیته اخلاق دانشگاه علوم پزشکی اراک تصویب شده است.
یافته ها درنهایت بر اساس امتیازدهی توسط نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک مذکور و بالاتربودن امتیاز و هدف‌گیری مناسب‌تر، has-miR-145-5p و has-miR-185-5p به عنوان miRNA‌های هدف گیرنده ژن APRIL و همچنین has-miR-424 و has-miR-497 به عنوان miRNA‌های هدف گیرنده ژن BAFF معرفی و برای فاز مطالعات عملی آینده انتخاب شدند.
نتیجه گیری با توجه به نقش مهم ژن‌های APRIL و BAFF در روند طبیعی مرگ سلولی و تکامل سلول‌های B به نظر می‌رسد می‌توان از این mi-RNA‌های پیش‌گویی‌شده با کمک پایگاه‌های بیوانفورماتیک با الگوریتم متفاوت به عنوان بیومارکرهای مولکولی تشخیصی در جهت شناسایی بیماران مبتلا به لوسمی لنفوسیتی مزمن سود جست.

پیش‌بینی بیوانفورماتیک miRNA‌های هدف‌گیرنده ژن‌های E6 و E7 ویروس پاپیلومای انسانی تیپ 16 و 18 در سرطان دهانه رحم
طاهره عظیمی، ملیحه باقری، مهدی پریان، بهزاد خوانساری نژاد، اشرف زمانی، مهدیه موندنی زاده،
دوره 23، شماره 3 - ( 5-1399 )
چکیده
زمینه و هدف: سرطان دهانه رحم (CC) سومین بدخیمی شایع در خانم‌هاست که عمده‌ترین علت ایجاد آن، ویروس پاپیلومای انسانی (HPV) است. دو انکوژن E6 و E7 این ویروس در روند تومورزایی آن نقش مهمی ایفا می‌کنند. امروزه، روش‌های موجود برای غربالگری CC توانایی تشخیص بیماری را در مراحل اولیه ندارند؛ بنابراین، شناسایی بیومارکر‌های جدید جهت تشخیص به‌موقع این سرطان حائز اهمیت است. بدین منظور، در مطالعه حاضر، miRNA‌های هدف‌گیرنده دو انکوژن E6 و E7 ویروس پاپیلومای انسانی (تیپ 16 و 18) در CC با روش‌های بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار گرفتند. 
مواد و روش ها: ابتدا با استفاده از پایگاه NCBI توالی ژن‌های E6 و E7 برای هر دو تیپ 16 و 18 ویروس پاپیلومای انسانی به دست آمد. سپس با استفاده از پایگاه‌های بیوانفورماتیکی miRBase و RNA22 مناسب ترین miRNA‌های هدف‌گیرنده ژن‌های مذکور انتخاب شدند.
ملاحظات اخلاقی: این مطالعه در کمیته اخلاق دانشگاه علوم‌پزشکی اراک تصویب شد.
یافته ها: با توجه به میزان p-value به‌دست‌آمده از پایگاه‌های بیوانفورماتیکی، miRNA‌های (p-value=7/51e-2) miR-92a-5p miR-195-3p (p-value=2.24e-1) ،‌miR-34a-5p (p-value=2.73e-1) و miR-155-5p (p-value=4.95e-2) برای دو ژن E6 و E7 معرفی شدند.
نتیجه گیری: نتایج حاصل از بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد از بین چهار miRNA شناسایی‌شده، احتمالاً miR-155-5p و miR-92a-5p به ترتیب به عنوان miRNA‌های هدف‌گیرنده اختصاصی ژن‌های E6 و E7 هستند؛ بنابراین، به نظر می‌رسد این miRNA‌ها می‌توانند کاندید مناسبی برای مطالعات آزمایشگاهی در بیماران مبتلا به CC باشند.

صفحه 1 از 1     

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به مجله دانشگاه علوم پزشکی اراک می باشد.

طراحی و برنامه نویسی : یکتاوب افزار شرق

© 2025 CC BY-NC 4.0 | Journal of Arak University of Medical Sciences

Designed & Developed by : Yektaweb