زمینه و هدف: اگرچه ملکول 124-miR به عنوان یک القاکننده نوروژنز شناخته شده است، با این حال بررسی‌های انجام شده بر روی اهداف آن بسیار اندک است و مکانیسم‌های عملکرد آن در تمایز به سمت سلول‌های عصبی و نگهداری سلول‌های عصبی در حالت تمایز یافته ناشناخته می‌باشد. روش میکرواری به عنوان روش استاندارد برای مطالعه کلی ژن‌های تحت کنترل miRNAها مطرح است. با این حال هزینه بسیار زیاد این روش استفاده از آن را در اغلب مراکز علمی با محدودیت مواجه است. از سوی دیگر پیشرفت الگوریتم‌های بیوانفورماتیکی و سیستم‌های مدل‌سازی کامپیوتری منجر به توسعه نرم افزارهای بیوانفورماتیکی شده‌اند که توانایی پیش‌بینی اهداف mRNA برای mi-RNAها را دارند. از این‌رو هدف این پژوهش تئوری بررسی بیوانفورماتیک اثر 124-miR بر روی فاکتور‌های نسخه‌برداری دخیل در فرآیند تکثیر سلولی و تمایز به سمت سلول‌های ‌نورونی، با استفاده از نرم افزارهای مختلف و اختصاصی می‌باشد.

مواد و روش‌ها: با استفاده از الگوریتم‌های مختلف موجود در پایگاه‌های تارگت اسکن، دایانا و میرواک، فاکتورهای نسخه‌برداری که هدف بالقوه عملکرد 124-miR بودند، مشخص شدند. سپس از ژن‌های کاندید شده براساس متغیرهایی هم‎چون قدرت اتصال ناحیه هسته 124-miR و تعداد تکرار ناحیه هدف در قسمت ´3-UTR فاکتور رونویسی یک جدول امتیاز تهیه شد. در نهایت فاکتور رونویسی دارای بالاترین امتیاز به عنوان کاندید بررسی‌های عملی انتخاب گشت.

یافته‌ها: نتایج بررسی‌های بیوانفورماتیکی نشان داد که ملکول‌های LAMC1، ITGB1، PTBP1، SOX9، SP1 و EFNB1 با بیش‎ترین احتمال ممکن است در مسیر نورون‌زایی تحت اثر 124-miR قرار گیرند.

نتیجه‌گیری: به نظر می‌رسد که فاکتور نسخه برداری SP1 تحت کنترل 124-miR می‌باشد و نقش مهمی در فرآیند نوروژنز ایفا می‌کند. از این رو این پروتئین می‌تواند به عنوان کاندید جدید مناسبی جهت بررسی‌های تجربی در نظر گرفته شود.

زمینه و هدف: استفاده از روش Real-time PCR کمّی به عنوان روش استاندارد به منظور کمّیت سنجی ویروس سیتومگال انسانی در بیماران دارای نقص سیستم ایمنی مطرح شده است. با این وجود این سوال که کدامیک از نمونه‌های خون تام یا پلاسما برای اندازه‎گیری تیتر ویروس بهتر است برای بسیاری از آزمایشگاه‌های بالینی هنوز پاسخ داده نشده است. به منظور پاسخ دادن به این سوال، مطالعه حاضر به مقایسه بار DNA ویروس سیتومگال انسانی در دو نمونه پلاسما و خون کامل می‌پردازد.

مواد و روش‌‌ها: در یک مطالعه آینده‎نگر نمونه‌های خون تام و پلاسما از 41 بیمار دریافت کننده پیوند مورد ارزیابی قرار گرفت و بار ویروس سیتومگال به وسیله روش Real-time PCR خانگی معتبر شده سنجش گردید.

یافته‌ها: از مجموع 193 نمونه بررسی شده، تعداد 174 نمونه دارای نتایج منفی بودند و تعداد 19 نمونه از 16 بیمار در دست کم یکی از نمونه‌های پلاسما یا خون کامل مثبت شدند. بر اساس نتایج آنالیز رگرسیون خطی، بین تیتر ویروس سیتومگال در دو نمونه خون تام و پلاسما هم‎بستگی وجود دارد(872/0R2= ). با این وجود معادله رگرسیون نشان می‌دهد که تیتر ویروس سیتومگال انسانی در نمونه‌های خون تام بالاتر از تیتر این ویروس در نمونه‌های پلاسما می‌باشد. اعتبار سنجی نتایج کمّی به وسیله تکرار آزمایش‎ها و آنالیز نتایج به وسیله آزمون آماری اندازه گیری مکرر مورد تأیید قرار گرفت.

نتیجه گیری: بر اساس نتایج حاصل از این مطالعه، انجام آزمون‌های کمّیت سنجی ویروس سیتومگال انسانی در نمونه خون تام دارای حساسیت آنالیتیک بیشتری نسبت به نمونه پلاسما است.

زمینه و هدف: میکرو  RNAهای موجود در گردش خون بیومارکرهایی امیدبخش برای تشخیص و ارزیابی بیماران مبتلا به سرطان می‌باشد. آزمون واکنش زنجیره ای پلی مراز کمی زمان واقعی(RT-qPCR) روشی حساس برای برآورد میزان بیان میکرو RNA ها است. با این وجود، در حال حاضر هیچ توافقی برای انتخاب ژن‌های رفرنس مناسب برای آنالیزهای qPCR بر روی میکرو RNA در گردش خون وجود ندارد. از این رو، هدف از این مطالعه انتخاب ژن رفرنس مناسب جهت نرمالیزه کردن نتایج RT-qPCR در نمونه‌های پلاسمای بیماران مبتلا به سرطان معده بوده است.

مواد و روش‌ها: بر اساس مطالعات پیشین سه مولکول SNORD47، U6 و miR-103 به عنوان ژن رفرنس منتخب مورد بررسی قرار گرفتند. بدین ترتیب بعد از استخراج از نمونه‌های پلاسمای 40 بیمار مبتلا به سرطان معده و 40 نفر سالم، سطوح بیان این مولکول‌ها به روش Real-time PCR ارزیابی شد.

یافته‌ها: نتایج نشان داد که تست‌های طراحی شده قادر به تشخیص حساس اهداف تعیین شده در یک دامنه خطی مناسب می‌باشند. بر اساس مقایسه دو گروه افراد بیمار و سالم، اگرچه میزان بیان مولکول miR-103 بین دو گروه یکسان نبود (017/0p=)، RNAهای SNORD47 و U6 دارای تغیرات سطوح بیانی مشابه بودند. با این وجود تغییرات در بیان مولکول SNORD47 کمتر از مولکول U6 بود.

نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که مولکول SNORD47 دارای سطوح بیانی پایداری در نمونه پلاسمای افراد مبتلا به سرطان معده و افراد سالم است و می‌تواند به عنوان یک ژن رفرانس مناسب جهت نرمالیزه کردن داده‌های کمّی تست qPCR مورد استفاده قرار گیرد.

چکیده

زمینه و هدف: هپاتوسلولار کارسینوما(HCC) سومین عامل اصلی مرگ ناشی از سرطان در سراسر جهان محسوب می‌شود. ویروس هپاتیت B و ژن HBx آن به واسطه تداخل در مسیرهای سیگنالینگ نقش بسیار مهمی در پیشرفت سرطان HCC دارند. هم‌چنین به دلیل عدم وجود علائم بالینی در مراحل اولیه‏ی ابتلا، ضرورت شناسایی مارکرهای اختصاصی با حساسیت بالا جهت شناسایی زود هنگام افراد مبتلا به HCC احساس می‌گردد. از سوی دیگر، با پیشرفت و توسعه علوم بیوانفورماتیک، امکان پیش‏ بینی انواع مختلفی از miRNAها و ژن‏های هدف این بیومارکرها به وجود آمده است. بدین ‏منظور، در این مطالعه با توجه به داده‏‌های حاصل از نرم افزارهای بیوانفورماتیک با الگوریتم‏های مختلف، miRNAهای هدف گیرنده ژن‏های HBx و NOTCH1 براساس بالاتر بودن امتیاز، اتصال مناسب با ژن هدف و تایید در نرم افزار‌های بیشتر انتخاب و معرفی گردیدند.

مواد و روش‏ ها: ابتدا توالی ژن‏ های HBx و NOTCH1 از سایت NCBI دریافت گردید و سپس با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک TargetScan، mirWalk ، miRBase ، Miranda ، PicTar ، miRVir و DIANA به بررسی و پیش‏گویی miRNAها پرداخته شد.

یافته‏ ها: با توجه به امتیاز دهی توسط نرم افزار‌های بیوانفورماتیک و بالاتر بودن امتیاز و هدف گیری مناسب تر،miR-34a به عنوان هدف گیرنده ژن NOTCH1 و miR-6510، miR-5193 و miR-214 به عنوان عوامل هدف گیرنده ژنHBx معرفی گردیدند.

نتیجه‏ گیری: با توجه به نقش تومورساپرسوری miR-214 و miR-34a در انواع سرطان‌ها احتمالا بتوان از آن‌ها به عنوان استراتژی درمانی در تحقیقات سرطان استفاده کرد. هم‌چنین به نظر می‌رسد که miR-5193 یکی از مارکرهای اختصاصی در تشخیص سرطان HCC باشد.